يعتبر تخصص هندسة النظم الحيوية من التخصصات الجديدة وهو يعتبر اعادة هيكلة وتطوير وتوسع لتخصص الهندسة الزراعية أو هندسة النظم الزراعية وقد تمت هذه الهيكلة والتطوير بواسطة اقسام ونظمات الهندسة الزراعية في اوروبا وامريكا. فغيرت غالب الأقسام الى هندسة النظم الحيوية (Biosystems Engineering ) وتغيرت الجمعيات العلمية من الجمعية المريكية للهندسة الزراعية (ASAE)الى الجمعية المريكية للهندسة الزراعية والحيوية (ASABE)
ويضم هذا التخصص العديد من الفروع:
هندسة التصنيع الحيوي(Bioprocess Engineering)
هندسة التصنيع الغذائي (Food Process Engineering)
الهندسة البيئية (Environmental Engineering)
هندسة الآلات الزراعية (Farm Power and Machinary Engineering)
هندسة المصادر الطبيعية (Natural Resource Engineering)