تلويث السفن هو تلوث الماء والهواء عن طريق الشحن البحري، وهي المشكلة التي تتسارع بشكل مطّرد نتيجة لتطور حركة التجارة والعولمة، مما يشكل تهديدًا متزايدًا للمحيطات والممرات المائية. فمثلاً من المتوقع أن تتضاعف حركة الشحن من وإلى الولايات المتحدة الأمريكية بحلول عام 2020. ونظرًا لزيادة حركة الملاحة البحرية، فقد أصبح التلوث الناجم عن السفن يؤثر تأثيرًا مباشرًا على المناطق الساحلية، وعلى التنوع البيولوجي والمناخ والغذاء والصحة البشرية، ولكن تأثيرها على البشر والعالم هو مثار الجدل، ومحور النقاشات الدولية الساخنة على مدى السنوات الـ 30 الماضية.
يمكن أن يتسبب تصريف مياه الموازنة من السفن في انتشار الجراثيم وغيرها من الأمراض الضارة والسموم، التي تضر بصحة الإنسان والحياة البحرية على حد سواء للتصريف في المياه الساحلية جنبًا إلى جنب مع غيره من مصادر التلوث البحري، قدرة على تكوين مركبات سامة تؤثر على النباتات البحرية والحيوانات والكائنات الدقيقة، مما قد يسبب تغييرات في معدلات النمو، واختلال دورات الهرمونات والعيوب الخلقية وفشل الجهاز المناعي، أو تُسبب اضطرابات ينتج عنها الإصابة بالسرطان والأورام والتشوهات الجينية أو حتى الموت. كما أن المأكولات البحرية يمكن أن تصبح ملوثة وغير صحية للاستهلاك. فليس من المستغرب أن ينسب تفشي وباء الكوليرا إلى السفن. وعلى العكس، قد يكون يصبح لها تأثير عكسي على بعض أنواع الحياة البحرية، كمحفز للنمو وكمصدر للغذاء. وبالتالي، تصبح ملوثة بالمغذيات