الحميدة مشابه للعلاج في حالات قرحة الاثني عشر. اذا تم تشخيص التلوث بجرثومة الملوية البوابية فان علاج قرحة المعدة يشمل، عندئذ، المضادات الحيوية (Antibiotics)، بالاضافة الى علاج يمنع افراز الحمض. يجب اجراء تنظير داخلي بعد 4- 6 اسابيع، وذلك للتاكد من شفاء القرحة. اذا لم تشف القرحة، يجب فحص احتمال وجود ورم خبيث واجراء اختزاع متكرر والبقاء تحت المراقبة والاشراف، حتى الشفاء الكامل من القرحة.
بالنسبة للمرضى الذين يصابون بقرحة المعدة وتتم معالجتهم بالاسبيرين او بادوية من مضادات الالتهاب اللا ستيرويدية، يتوجب اجراء تقييم جديد بشان الاستمرار في معالجتهم بهذه الادوية. ومع ذلك، اذا كان العلاج بهذه الادوية ضروريا، فينبغي اضافة علاج مانع يتمثل في ادوية مضادة لافراز الاحماض، من مجموعة مثبطات مضخة الهيدروجين (مثبطات مضخة البروتون - Proton - pump inhibitor)، محصرات مستقبلات الهيستامين نوع (H2)، او الادوية التي تحتوي على بروستاغلاندينات اصطناعية (مثل: ميزوبروستول - Misoprostol). من غير الواضح، حتى الان، ما اذا كان من الممكن اعطاء علاج واق بهدف القضاء على جرثومة الملوية البوابية قبل المعالجة بالاسبيرين او بادوية من مضادات الالتهاب اللا ستيرويدية، للمدى الطويل.
يوصى باللجوء الى العلاج الجراحي لقرحة المعدة في حال التاكد من وجود اورام خبيثة او عند الاشتباه بوجود اورام خبيثة، بعد فشل العلاج المناسب والمتواصل في شفاء القرحة.