كثيراً ما يُخلط بين القاطور والتمساح، فهما يَنتميان لفصيلتين تصنيفيّتين مختلفتين كثيراً.
أكثر الفروقات الخارجية وضوحاً موجودة في الرأس، فالقاطور يَملك رأساً أعرض وأقصر وشكله يَميل إلى حرف "U" أكثر من "V". فك القاطور العلوي أعرض من السفلي، وتأخذ أسنان الفك السفلي حيزها من الفم داخل منخفضات صغيرة في الفك العلوي (أي أن الفكين لا يَنطبقان على بعضهما، بل توجد فراغات بين الأسنان فيهما للسماح للأسنان بالإغلاق دون الاصطدام ببعضها). الفكان العلوي والسفلي للتماسيح



نما بنفس العرض، وأسنان الفك السفلي تنطبق على حافة الفك العلوي أو خارجه عندما يُغلق الفم. عند يُغلق التمساح فمه، يَدخل السن الرابع الكبير للفك السفلي في انقباض ضمن الفك العلوي. بسبب صعوبة التفريق بين الأنواع، فإن السن الناتئ للتماسيح هو أكثر العلامات موثوقية للتفريق بينها وبين القواطير.
تفتقر القواطير إلى النتؤات الخشنة التي تظهر على أرجل وأقدام التماسيح الخلفية، كما أنها تملك غشاءً رقيقاً يَربط بين أصابع أقدامها الخلفية. تفضل القواطير الماء العذب كثيراً، بينما يُمكن للتماسيح أن تتحمل أكثر ماء البحر بسبب غددها الخاصة التي تقوم بتصفية الملح من الماء. بالرغم من هذا، كلا الفصيلتين يُمكنهما النجاة في أي من البيئتين.
تملك لقواطير ألواناً مظلمة إلى حد ما أكثر من التماسيح، وكثيراً ما يَكون لونها أسوداً تقريباً (لكن اللون يَعتمد بشكل كبير على جودة الماء). فالماء الغني بالطحالب يُنتج جلداً أكثر اخضراراً، في حين أن الحمض الدبغي المتدلي من الأشجار المحيطة يُمكن في كثير من الأحيان أن يُنتج جلداً أكثر ظلمة.
عند إفراغ حوض قواطير، يُمكن لبعض حماة الحياة البرية أن يَخطو على القواطير دون أن يُستثاروا أو أن يُبدوا استجابة، على الرغم من أن التماسيح تتفاعل دائماً تقريباً وبُعدوانية كبيرة، وهي أيضاً أكثر عدوانية في بيئتها الطبيعية.