بلوتونيوم-239 هو أحد نظائر البلوتونيوم، وهو الذي يستخدم لإنتاج القنابل الذرية. كما استخدم أيضا يورانيوم-235 في هذا الغرض. ويعتبر البلوتونيوم-239 إلى جانب يورانيوم-235ويورانيوم-233 من المواد التي تستخدم كوقود نووي في المفاعلات النووية لإنتاج الطاقة الكهربائية.
يبلغ عمر النصف للبلوتونيوم-239 24.200 سنة.