تحدث الحرقة عندما ترتفع الحموضة من المعدة إلى المريء. عندما يتم بلع الطعام فإنه يعبر عبر أنبوب يدعى المريء. المريء يوصل الطعام إلى المعدة عبر فتحة في داخل طبقة من العضلات تدعى الحجاب الحاجز. في أسفل المريء هنالك صمام عضلي يدعى المصرة المريئية السفلى.
هذا الصمام يتمدد عند البلع مما يسمح للطعام بالعبور من خلاله. المصرة المريئية معدّة بشكل يجعلها تنغلق بإحكام بعد البلع لكي لا يرجع الطعام إلى المريء. كذلك فإن إحدى وظائف الحجاب الحاجز هي الضغط حول المريء مما يؤدي إلى إغلاق الفتحة الموصلة إلى المعدة.
وهذا يمنع عبور الطعام والحموضة من المعدة إلى داخل المريء. إذا كان هنالك خلل في المصرة المريئية السفلى مما يؤدي إلى تمددها بشكل غير صحيح أو إلى أن تصبح ضعيفة، فعندئذ من الممكن أن تعبر الحموضة من المعدة إلى المريء. وتدعى هذه الحالة "الإرتجاع الحمضي". إذا تكررت هذه الحالة بوتيرة عالية وفي أحيان متقاربة، فمن الممكن أن يؤدي هذا إلى تهيج وإلتهاب جدار المريء، مما يسبب الحرقة.
الإرتجاع الحمضي المتكرر يدعى "مرض الإرتجاع المعدي المريئي" أو بإختصار GERD. عندما تضعف العضلة التي تحيط بالمصرة المريئية، فمن الممكن أن يؤدي هذا إلى فتاق المعدة عبر الحجاب الحاجز وصولا لداخل جوف الصدر. وتدعى هذه الحالة "فتاق الحجاب الحاجز".