في منتصف القرن التاسع عشر كان الكيميائي الفرنسي وأخصائي الأحياء المجهرية لويس باستور (1822-1895) يطور نظريته الجرثومية، ونظمت النظرية أن الكائنات الدقيقة المعينة تسبب أمراضا معينة، وحدثت تجربة باستور الأولى مع الكائنات الحية الدقيقة كسبب للمرض عندما كان يحقق في مرض دود القز في عام 1865، وقد دمر هذا المرض صناعة الحرير الفرنسية تقريبا، وكان باستور قادرا على إثبات أن المرض ناجم عن الكائنات الحية الدقيقة، وهذه الكائنات الحية الدقيقة تصيب العثة التي تضع البيض الذي تفقس ديدان القز منه، والتخلص من البيض المصاب وإزالة مصدر العدوى أنقذ صناعة دودة القز، والأهم من ذلك كان معني بحث باستور اقترح أن ربط الكائنات الدقيقة المعينة بأمراض معينة قد يكون له صلة بأسباب مرض الإنسان.