تبدأ القصة بظهور الشخصية الرئيسية سينشي كودو ذو السبعة عشر عامًا،[31] وهو طالب في المدرسة الثانوية ومتحرٍ يساعد الشرطة والمفتش ميغوري في حل بعض القضايا، مشهور بذكائه وعبقريته التي تُفاجئ الجميع باستنتاجات تخالف التوقعات.[32] وفي يوم من أيام العطلة خرج مع صديقة طفولته ران موري إلى مدينة الملاهي، وحدثت جريمة قتل داخل الأفعوانيةوحلها كالعادة بذكائه ومهارته، وبينما كانوا هناك لمح سينشي كودو رجلًا ذو ملابس سوداء يقوم بعملية ابتزاز. فأراد معرفة القصة، فما لبث إلا أن ضُرب من الخلف وسقط مغشيًا عليه، ومن ثم أُجبر على تناول عقار جديد،[33] لم يستخدم من قبل إلا على الفئران وظن الرجل ذو اللباس الأسود أنه سيقتله ولن يترك فيه أثرًا للتسمم لكن العقار السام تسبب في تقلص جسده ليصبح فتًى في السابعة من عمره. تلك الحادثة التي وقعت في مدينة الملاهي تسببت بولادة بطل المسلسل كونان إيدوجاوا وتغير حياة سينشي كودو.[34]
وعندما كان في منزله مع أغاسا هيروشي دخلت صديقته ران موري لتسأل عن سينشي، فلمحت كونان وسألته عن اسمه فأجابها بـ كونان إيدوجاوا .[c]وسبب اختيار سينشي لاسم كونان، يرجع إلى حبه الشديد لشخصية شارلوك هولمز للمؤلف كونان دويل، بينما اسم إيدوجاوا أتى من اسم الناقد الياباني وكاتب روايات التحري والغموض إيدوجاوا رامبو.[35] قرر كونان أن يعيش مع ران في منزل والدها كوغورو موري الذي يمتلك وكالة تحريات خاصة، ليتسنى له معرفة المزيد عن هذه المنظمة.[36][37] فدخل مدرسة تيتان الابتدائية وأصبح عضوًا في فريق المحققين الصغار.

عملية اغتيال المنظمة لسينشي كودو ليصبح كونان إيدوجاوا.
لاحقًا، تظهر شخصية جديدة، ألا وهي شيهو ميانو،[38] ولقبها هايبارا وهي باحثة كيميائيةوعضوة سابقة مع المنظمة السوداء، وهي التي قامت بتطوير العقار المحقق كونان والذي تسبب في تقلص سينشي- ولكنها تمردت بسبب قتل المنظمة لأختها أكيمي ميانو.[38] ثم تتوالى الأحداث ويصبح كونان في صف الـ مكتب التحقيقات الفيدرالي بعد أن ساعد العميلة جودي سانتيمليون في البحث عن المنظمة وفي تخليصها من فخ عضوة المنظمة السوداء بلموت.[39] فأمسكوا بإحدى أفراد المنظمة السوداء اسمها ميزوناشي رينا ولقبها "كير"، لكن تبين لهم أنها عميلة للـ وكالة المخابرات المركزية. فتعقد اتفاقًا مع شويتشي أكايبأن تزود الـ مكتب التحقيقات الفيدرالي بالمعلومات،[39] في مقابل مساعدتها مرة أخرى في دخول المنظمة وحماية أخيها الصغير إيسوكي هوندو من خطر المنظمة بوضعه تحت برنامج حماية الشهود.[40]

سينشي كودو بعدما تقلص جسده بواسطة العقار السام APTX-4869 ليصبح كونان إيدوجاوا.
لم تعد المنظمة السوداء واثقة من ميزوناشي رينا بعد خطفها من قبل مكتب التحقيقات الفيدرالي، فأرادت التأكد من ولائها التام لها. فأجبر جين ميزوناشي رينا على ترتيب لقاء مع شويتشي أكاي تخبره أنها تريد أن تكشف أسرار المنظمة، وتستغل تواجده وحيدًا لتقتله. بالفعل حدث ما خطط له جين، وتم القضاء على شويتشي أكاي، ولا يعلم حقيقة هذا الحادث لغاية الآن هل هو مدبر بين شويتشي أكاي وميزوناشي رينا من قبل، أم أنها صدفة وأنه قتل بسبب خطة جين.[41] وللتأكد أكثر استعانت المنظمة السوداء بعميلها بوربون. فقام بالتنكر بشكل أكاي مع حرق في وجهه، بمساعدة بلموت للتأكد من موت أكاي عن طريق ردة فعل زملائه وأصدقائه المقربين،[42] أيضا قام بوربون بالعمل كنادل في المقهى الواقع تحت وكالة كوغورو موري للتحريات التأكد من موت شويتشي أكاي.[43] لكن بمساعدة كونان إيدوجاوا و البروفيسور هيروشي أغاسا، تم تلفيق عملية قتل أكاي و لم يعرف بذلك أحد، و تنكر أكاي بشخصية سوبارو أوكيا.
مرة أخرى تظهر شخصية جديدة، ماسومي سيرا وهي أخت عميل الـ مكتب التحقيقات الفيدرالي شويتشي أكاي.[44] تحاول ماسومي سيرا أن تبحث عن أخيها لكنها تصطدم ببوربون عضو المنظمة السوداء، الذي ساوره الشك عند رؤيتها. وبالصدفة علم بوربون بمكان وجود هايبارا، وحاولت المنظمة السوداء قتلها بعدما علمت أنها متواجدة في القطار السريع، وبمساعدة والدة سينشي يوساكو كودو وكايتو كيد الذي كان مستقلًّا للقطار آنذاك، استطاعت هايبارا الهروب من قبضة أفراد المنظمة السوداء الذين توهموا أنها توفيت بانفجار القطار لكنها كانت مختبئة ولم يصبها أي مكروه.[45] استمر بوربون بالتزكد من موت أكاي، وكان قريباً من كشف خطة أكاي، لكن منعه كونان من كشف تنكره، بل وكشف عن حقيقته من خلال ردة فعله اتجاه كلمة (زيرو) والتي اثارت شكوكه،[46] إلى ان وصل انه جاسوس قد اخترق المنظمة السوداء باسم الرمزي بوربون،[47] وهو في الحقيقة من الشرطة السرية اليابانية و اسمه الحقيقي ري فورويا.[48]